Например я хочу разрешить g729 кодек, правлю sip_general_additional.conf затем делаю Re-Read Configs, оно вроде помнит. Но стоит только добавить, к примеру, внутренний номер и sip_general_additional.conf становится девственным, без allow=g729.
Если хочется чего-то особенного, на это есть файлы _custom.conf
соответственно для вашего случая - sip_general_custom.conf